共聚焦显微镜可以进行细胞形态定位、立体结构重组、动态变化过程等研究，并能提供定量荧光测定、定性图像分析等研究手段，结合其他相关生物技术，在形态学、生理学、免疫学、遗传学等分子细胞生物学领域有广泛应用。
共聚焦显微镜是由显微镜光学系统、激光光源、扫描器及检测及处理系统4部分组成，采用相干性较好的激光作为光源，在传统光学显微镜基础上采用共轭聚焦原理和装置，并利用计算机对图象进行处理的一套观察、分析和输出系统。
共聚焦显微镜主要功能：该系统通过低能量激光，高性能全自动荧光显微镜，扫描共扼聚焦装置及相关图像分析软件的结合，具有较高分辨率，性能稳定。能对各种方法制备的组织细胞中荧光标记的分子和结构进行“光学切片” ，形成组织和细胞中荧光标记结构的总体图像；同时可以进行三维结构和标记强度的半定量分析；也可以通过显微镜对活细胞进行自动定时或定位的激光扫描，记录和研究离子浓度和自由基膜电位PH值的变化，细胞迁移，细胞周期和细胞生长等细胞生物学现象。能对荧光原位杂交，基因定位和原位实时PCR产物进行分析。
共聚焦显微镜是一种先进的分子生物学和细胞生物学研究仪器。它在荧光显微镜成像的基础上加装激光扫描装置，结合数据化图像处理技术，采集组织和细胞内荧光标记图像，在亚细胞水平观察钙等离子水平的变化，并结合电生理等技术观察细胞生理活动与细胞形态及运动变化的相互关系。由于它的应用范围较广泛，已成为形态学、分子细胞生物学、神经科学和药理学等研究领域中很重要的研究技术。
