尼康显微镜一般会工作在条件相对恶劣的环境下，要是显微镜突然长霉了这可是令人很苦恼的。由于镜头的价格昂贵，换新的话用户可能太过于心疼，如果不买个新的，还是要想办法除去的，可能会对成像产生影响，但总之是要清除的。
由于尼康显微镜镜筒内的表面往往会有镀膜，一般情况下即使是轻轻一下也会损坏这层镀膜的。因此在清洁是一定要注意下了！还有一种情况是霉菌丝长到两个复合镜片的接缝里了，这里恐非专业人员不好处理，因此一定要注意不能莽然进行擦拭。
针对尼康显微镜需要做好防尘工作，防尘主要在连接目镜、物镜以及摄像机接口处进行防尘，主要的方法是非工作时间加盖防尘罩，这样可以避免漂浮灰尘的污染。但如果有烟雾等漂浮物污染，则要在非工作时间将设备放置到无尘、干燥的房间保管。如果显微镜必须工作在潮湿的环境下，则要保证不要将水，特别是腐蚀性液体溅到显微镜上。另外，在非工作时间要将显微镜搬移到干燥、通风的环境保管。关于镜下工作污染问题，可以在物镜下方安装一个防尘物镜框，每天进行清洗。如果显微镜用于目视焊接，那物镜处会集聚很多油污，这里应该每天用酒精清洗，或者选择工作距离较长的物镜来长距离工作，以减少污染。
尼康显微镜是精密仪器，价格不菲，要想长期使用可得维护好了！
