尼康显微镜由一个共用的初级物镜，对物体成像后的两个光束被两组中间物镜亦称变焦镜分开，并组成一定的角度称为体视角一般为12-15°，再经各自的目镜成像，它的倍率变化是由改变中间镜组之间的距离而获得，利用双通道光路，双目镜筒中的左右两光束不是平行，而是具有一定的夹角，为左右两眼提供一个具有立体感的图像。显微镜实质上是两个单镜筒显微镜并列放置，两个镜筒的光轴构成相当于人们用双目观察一个物体时所形成的视角，以此形成三维空间的立体视觉图像。
在尼康显微镜显微镜的光学系统中，光源、聚光镜、物镜和目镜的光轴以及光阑的中心必须与显微镜的光轴同在一直线上。在设计上，显微镜的光轴应该是一致的，但在使用时还必须将光轴的中心调整好，尤其在各类研究用体视显微镜的操作中至为重要，否则难以取得观察和显微照相的效果。显微镜的目镜安装于固定的位置上，没有调整的必要，而物镜的中心是取决于物间转换器的精度。
具体需调整的步骤如下：
1.在显微镜中光源灯丝的调整
开启光源开关，在视场光阑处放置乳白磨砂滤光片或一张白纸，同时缩小视场光阑，此时可看到有灯丝象的出现，调整时，利用灯室外三个旋钮进行调整，其中一个旋钮可调整灯泡的前一，直到灯丝象较清晰，如灯丝不在中央，则利用其它两个旋钮作一下、左右调整，直到灯丝完会调至中央为止。有的厂家生产的体视显微镜灯室外侧没有调节旋钮，这是因为所规定的专用灯泡，在安装确当后则无需调整。
2.在显微镜中聚光镜的中心调整
先将视场光阑缩小，用10×物镜观察，在视场内可见到视场光阑轮廓象，如不在视场的中央，则利用聚光镜外侧的两个调整螺丝将其调整至中央部分，缓慢地增大视场光阑时，能看到光束向视场周缘均匀展开直至视场光阑的轮廓象*与视场边缘内接，说明己经合轴。合轴后再略为增大视场光阑，使轮廓象刚好处于视场外切或稍大一些，这样适合于作观察之用。
3.孔径光阑的调节
在显微镜中孔径光阑安装在聚光镜内，研究用体视显微镜的聚光镜的外侧边缘上均具有刻数及定位记号，这样就便于调节聚光镜与物镜的数值孔径相匹配。但有的聚光镜外侧没有标刻数字，这样先将物镜聚焦，再取下一目镜，眼睛镜筒内看，可见物镜后透镜呈一明亮的圆，如看不见孔径光阑的轮廓象，说明开得过大；若仅是一种很小的明亮轮廓象，则说明缩得过小，当缓慢增大刚好与物镜后透镜呈一明亮圆时则聚光镜与该物镜的数值孔径相互匹配。
